مراحل اصلی اصلاح نباتات شامل شناسایی صفت، آزمایش واریته، تلاقی، رشد/انتخاب/ ذخیره و در نهایت رهاسازی است.

بدیهی است که ابتدا باید بدانیم چه گیاهی در حال اصلاح است، اما بعد از آن باید مشخص کرد که چه ویژگی هایی مانند رنگ، طعم، بافت، مقاومت در برابر آفات و غیره در حال اصلاح هستند. مهم این است که بیش از 5 یا 6 مورد را انتخاب نکنید. صفات برای اصلاح برای ماندگار نگه داشتن انتخاب.

صفاتی که با اصلاح محصول بهبود یافته اند عبارتند از: عملکرد (افزایش میزان کاشت ایمن در همان مقدار زمین)، مقاومت در برابر آفات و بیماری ها، سازگاری با تنش های محیطی مانند گرما، خشکسالی، یخبندان و خاک های شور، ارزش غذایی، سهولت برداشت، کارایی تکنیک های پرورش، طعم، رنگ و بافت، ایجاد انواع میوه ها و سبزیجات بدون دانه

پس از آن، انجام آزمایش‌های واریته با واریته‌های بالقوه قبل از تلاقی بسیار سودمند است. واریته‌ها بر اساس در دسترس بودن و ویژگی‌های بالقوه مفید انتخاب می‌شوند، اما همچنین باید در محیط محلی که در آن رشد می‌کنند آزمایش شوند تا اثربخشی و تنوع در بیان آن‌ها اندازه‌گیری شود.

رشد / انتخاب / ذخیره کردن: پس از شناسایی گیاهان مطلوب، می توان آنها را برای تولید نسل با ترکیبی از صفات مطلوب خود اصلاح نمود. این کار معمولاً از طریق گرده افشانی کنترل شده انجام می شود، جایی که گرده یک گیاه به گل های گیاه دیگر منتقل می شود. بسته به گیاه، این فرآیند متفاوت خواهد بود، اما هدف نهایی تولید فرزندان از واریته‌های والدینی با تنوع ژنتیکی خواهد بود. سپس فرزندان حاصل از فرآیند تلاقی رشد کرده و ارزیابی می شوند تا مشخص شود کدام گیاهان دارای صفات مورد نظر هستند. این می تواند شامل انجام آزمایشات مزرعه ای یا آزمایش های دیگر برای ارزیابی عملکرد گیاهان باشد. سپس گیاهانی که مطلوب ترین صفات را دارند برای اصلاح بیشتر انتخاب می شوند، زیرا فرآیند انتخاب انبوه مشخص می کند که کدام گیاهان برای پر کردن نسل بعدی مورد استفاده قرار خواهند گرفت. از اینجا، روند انتخاب انبوه، ذخیره بذر و رشد برای چندین نسل تکرار می شود تا زمانی که صفات همه فرزندان به طور یکنواخت قابل قبول باشد. در نهایت، واریته‌های گیاهی جدید به تعداد زیادی رشد می‌کنند تا به‌عنوان واریته جدید با ویژگی‌های برند عرضه شوند.